李三才贸然挑战潜规则的做法，引起了朝廷各派的一致反对，而东林党也非常不情愿的被卷进了战火。万历党争就是从那一刻正式拉开了序幕。

就算有顾宪成的倾力相帮，李三才最终还是没能顶住各派的联合反扑。万历三十九年，心灰意冷的李三才辞职归乡。

再之后李三才几次欲起复，在朝中都会产生最大的反对声。直到天启三年李三才病逝，朝中大臣对他都是反对不止（这里面也包括一些东林党人）。